目前小兒腹瀉應用抗生素的現象非常普遍，而實際上小兒腹瀉約一半以上為病毒所致，或者由于飲食不當引起。對這些原因引起的腹瀉，抗生素會殺死腸道中的正常菌群，引起菌群紊亂，加重腹瀉。

研究發現添加了低聚糖的奶粉以及其他食品具有防治腹瀉的作用。低聚糖可以與病原菌的外原凝集素結合，使之喪失粘附腸壁的能力，同時也可以分離已經粘附的細菌，而且低聚糖在腸道分解后產生大量短鏈脂肪酸和乳酸等有機酸，降低了腸道PH值，從而抑制腸道中的致病菌如擬桿菌等的生長，有機酸還促進腸道蠕動，減少了致病菌粘附到腸道的機會。

還有一種是直接將雙歧桿菌做成生物制劑用于腹瀉的治療，但是直接服用雙歧桿菌容易受到胃酸和腸液的影響，而使其活性降低，而且外源性雙歧桿菌是否能夠在嬰兒腸道中定植尚且是個問題。即使采用外源性的雙歧桿菌補充一、二次也并不能一勞永逸，必須天天補充才會有效。因此采用攝入低聚糖刺激自身雙歧桿菌生長不失為一個好方法。

低聚糖食品通過生物拮抗作用達到防治病理性腹瀉的目的，沒有副作用。當然對于腸道嚴重感染如痢疾，合理使用抗生素也是必要的。